隐形股东协议在一定条件下是受到法律保护的。只要隐形股东因合法目的和原因取得股东权利，其协议就是有效的。
根据《最高人民法院关于适用<中华人民共和国公司法>若干问题的规定（三）》第二十四条，只要该协议没有违反合同法的相关规定，人民法院应当认定该协议有效。
隐形股东的合法性主要取决于其行为是否规避了法律的强制性规定。
1.如果隐形股东的行为违反法律禁止性规定，那么其就是不合法的。例如，在某些行业限制境外资本进入的情况下，境外人士借用国内人士名义进入该行业，这样的行为就属于规避法律强制性规定，应认定为无效。
2.如果隐形投资的行为没有规避法律的强制性规定，就可以认定为有效。
隐形股东在公司中具有一定的法律地位。虽然隐形股东的名字可能不在公司股东名册上，但其实际上履行了对公司的出资义务或认缴出资义务，承担了对公司的投资责任。
隐形股东与显名股东之间的关系一般被认定为委托投资合同关系，双方发生争议时，可以适用《民法典》合同编的具体条款进行调整。
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