一、分居三年可以自动离婚吗
婚姻关系不会自动解除。根据《婚姻法》第三十二条第二、第三款规定：“人民法院审理离婚案件，应当进行调解;如感情确已破裂，调解无效，应准予离婚。有下列情形之一，调解无效的，应准予离婚：(一)重婚或有配偶者与他人同居的;(二)实施家庭暴力或虐待、遗弃家庭成员的;(三)有赌博、吸毒等恶习屡教不改的;(四)因感情不和分居满二年的;(五)其他导致夫妻感情破裂的情形。”
根据上述法律规定，分居两年还需具备：1、分居强调的是夫妻双方互不履行夫妻义务，而不是单方面的不履行家庭义务;2、分居的原因必须是感情破裂而分居;3、因感情破裂而分居两年，但经调解没有和好可能的。具备以上条件才能准许离婚。
延伸补充：
一、离婚财产分割协议的含义
协议离婚中的财产分割协议(以下简称财产分割协议)是指男女双方在离婚协议中附加达成的关于财产分割的条款或者因协议离婚而就财产分割问题单独达成的协议。
二、离婚财产分割协议的特征
1.协议内容的复合性
2.生效条件的特别性
3.婚姻关系解除效力的前置性
离婚财产分割协议的效力
按照合同法，这种法律效力体现为二：一是表明当事人的约定得到法律的肯定，当事人的合同权利会得到法律的保护;二是合同约定的内容开始实际履行。财产分割协议的效力内容也相应体现在两方面：双方当事人的约定得到法律的肯定;双方当事人均应全面履行协议约定的内容。履行的要求完全适用合同法有关履行的规定。
但值得注意的是，财产分割协议却不具有强制执行力，这一点与诉讼离婚中形成的调解书不同，调解书中的财产处理的内容虽然也是当事人协商一致的结果，但这种协议是在法官的主持下进行的，其内容的合法性经过司法审查，所以，调解书中的财产处理部分具有强制执行力。而财产分割协议则不同，法律并没有赋予婚姻登记机关对财产分割协议内容的合法性的审查职权，婚姻登记机关只在形式上进行审查。由于未经过司法审查，因财产分割协议的履行发生争议时，与其他合同一样，必须先经过合法性审查。如其合法性得到确认，待形成裁判文书后，可申请执行。所以，财产分割协议后不得在离婚诉讼中作为财产分割的依据。财产分割协议是协议离婚的一部分，与离婚诉讼是两种完全独立的离婚制度，二者在具体程序操作上是不可互用或混同的。协议离婚中的自愿原则贯穿了包括财产分割在内的每一个环节。在财产分割协议中，一方可将自己的财产以财产分割的名义给予对方都可(与此对比，诉讼离婚中则只分割夫妻共同财产，处理一方个人财产只能出于其他理由。)。承接协议离婚中的自愿原则的财产分割协议只能作为协议离婚的一个环节而不可独立于协议离婚之外，不能用于诉讼离婚中。
三、离婚财产分割协议的时效
协议离婚对离婚协议财产分割有争议的,应当适用于最高人民法院关于适用《婚姻法》若干问题的解释(二)(以下简称：司法解释二)第八和九条的规定，不应适用婚姻法第四十七条和《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国婚姻法〉若干问题的解释(一)》(以下简称：司法解释一)第三十一条的规定。
《婚姻法》第四十七条规定：“离婚时，一方隐藏、转移、变卖、毁损夫妻共同财产或伪造债务，企图侵占另一方财产的”，这些规定的立法本意是就诉讼离婚而言，司法解释一的第三十一条规定 “出现《婚姻法》第四十七条情况的，诉讼时效为两年”。但如果在协议离婚中一方存在隐藏、转移、变卖夫妻共同财产行为的，就不应当适用“两年”的时效规定，而应适用司法解释二的第八条和九条的规定“离婚协议中关于财产分割的条款或者当事人因离婚就财产分割达成的协议，对男女双方具有法律约束力。”和“男女双方协议离婚后一年内就财产分割问题反悔，请求变更或者撤销财产分割协议的，人民法院应当受理”，即诉讼时效为“一年”的规定。
综上所述，不管夫妻分居多长时间在我国的婚姻法当中都是没有自动离婚的规定的，而对于分居三年的夫妻只能说是满足了离婚的条件，所以在向法院起诉的时候对于离婚的办理条件是符合的，当然夫妻协商一致的也是可以的。
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